Le virus de la grippe provoquant la pandémie de 2009, surnommée "grippe A" est de type A/H1N1.

     Il est connu dans le milieu médical sous la nomenclature (cf. 'Composition et classification des virus de la grippe')

                      A/California/7/2009 (H1N1)v avec v comme variant

En effet, il a beau être du même sous-type que celui de la grippe espagnole, il est différent car son génome a été constitué par recombinaison de plusieurs différentes souches. Il est donc composé d'un gène humain, deux aviaires et 5 issus du virus porcin, ayant donné lieu à des antigènes de surfaces correspondant à un sous-type H1N1. (cf. 'les variations antigéniques' )



    Deux différentes souches sont à l'origine du réassortiement génétique effectué en 2009 : 
                - la souche provenant du réassortiment de 3 autres souches qui circulait chez les porcs sur le continent américain depuis 1999.
                 - la "eurasian swine": une souche de virus grippal qui circulait chez les porcs sur le continent eurasiatique.

    La seule provenance humaine du virus est celle de la grippe A/H3N2 ayant sévit en 1968. Cette souche, appelée grippe de Hong-Kong, fit environ 1 million de morts dans le monde et est issue de la grippe asiatique de 1957 qui fit 2 à 4 millions de morts dans le monde elle même issue de la redoutable grippe espagnole. Cependant, le virus n'a aucune propriété antigénique semblable à celle de la grippe espagnole bien qu'ils soient du même sous-type.

    Il n'y a pas d'immunité antérieure sauf pour les personnes nées avant 1957: elle touche donc principalement les populations jeunes.

    Il y a eu, d'après l'OMS, 12 220 décès dans le monde et 1 331 cas graves en France dont seulement 20% pour des patients ne présentant aucun des facteurs de risques caractéristiques de la grippe. (cf. voir Les symptômes, complications de la grippe et ses catégories à risques )
  

    L'épidémie locale au début s'est très rapidement transformée en pandémie touchant tous les pays en raison d'une très forte contagiosité mais surtout du trafic aérien d'origine commerciale entraînant un brassage de populations quotidien. Cependant, sa virulence était relativement faible avec un taux de létalité de 0.2 à 1.5%.

    Pour 50 à 90% des décès, il existe une pathologie sous-jacente. L'apparition des cas grave ( définis par une hospitalisation en réanimation, en soins intensifs ou en unité de soins continus, ou par un décès) a également un lien direct avec le temps de réaction des malades: le délai médian entre le début des signes cliniques et l’ad­mission était de 4 jours pour les formes graves.

    La pandémie a créé une vague d'inquiétude au sein de la société pour deux raisons:

              - Pour la grippe espagnole (qui est, comme on l'a vu précédemment, de même souche), la 2nde vague avait été particulièrement meurtrière. Les scientifiques s'inquiétaient qu'il y en ait une beaucoup plus dévastatrice que la 1ère.

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               - Le risque était un réassortiement de ce virus avec la souche A/H5N1 ("grippe aviaire") qui a déjà fait plusieurs centaines de victimes dans le monde alors que cette souche n'infecte que très difficilement les humains. Ce virus est très virulent et sa recombinaison avec celui de la pandémie de 2009 aurait pu permettre au virus réassortant d'infecter les populations très facilement,  avec la même contagiosité qu'avec la souche H1N1, et la même virulence que la H5N1 et aurait pu permettre la transmition inter-humaine ce qui aurait causé une pandémie dévastatrice.

               - Il y avait également le risque de mutations qui augmenteraient la virulence du virus. En effet quelques cas ont été détectés:  des formes sévères associées à une mutation D222G sur la première sous-unité de l'hémagglutinine ont été rapportées en novembre 2009. Théoriquement, cette mutation pourrait entraîner une modification contribuant à la sévérité de la maladie en favorisant une atteinte de la partie  inférieure de la trachée et des poumons.  Il a été détecté 8 cas avec mutations D222G, uniquement chez des cas graves (6 sont décédés et 2 ont dû être placés sous assistance cardio-respiratoire).

               - Mais également la résistance aux antiviraux (cf.'Réaction rapide et efficace du gouvernement', partie' Les antiviraux'), plusieurs fois détectée à travers le monde mais seulement sur des cas isolés. Les cas de résistance à l'ensemble des antiviraux disponibles restent très rares: on en a constaté que quelques uns dont un aux Pays-Bas. Ces patients ont développés une mutation H275Y sous oseltamivir, le rendant inefficace puis ayant reçu un traitement alternatif de 10 jours de zanamivir, ils ont développés une mutation  I223R. Ces résistances sont plus fréquentes chez les personnes immunodéprimées.

Quelles ont été les réactions de prévention face à cette nouvelle souche ?